根據除塵器結構形式不同，脈沖噴吹式布袋除塵器設計有2種清灰方式：即布袋除塵器在線清灰和布袋除塵器離線清灰。
一、布袋除塵器在線清灰
高壓脈沖空氣從脈沖電磁閥通過輸氣管從濾袋中心上方的噴吹孔高速噴出，穿地濾袋上方的文丘里管的頸部，包括誘導的二次空氣，沖向濾袋內部，沿濾袋長度方向產生短促的脈沖壓力波，將沉積在濾袋表面上的粉塵剝離下來，粉塵落入灰斗，干凈氣體通過凈氣室排除機外。當電磁閥斷電時，脈沖電磁閥膜片關閉、止斷高壓脈沖氣流，一次清灰結束。
布袋除塵器在線清灰的問題是高壓脈沖空氣生成的是與主氣流逆向的高壓氣流沖過濾袋使濾袋抖動，除去濾袋表面上聚集的粉塵，成片的粉塵落入位于除塵器下部的灰斗中，再經卸料裝置排出機外。
二、布袋除塵器離線清灰
布袋除塵器離線清灰例如:除塵器設計為多室組合的形式，實現逐室清灰，當某過濾室需要清灰時，該過濾室與主氣流隔離開來，過濾室被隔離是通過設置在進氣口或者出氣口的閥門實現的。這個過程大約保持2～3min。這樣的結果導致每一次清灰操作過程中除塵器總過濾面積（或稱為毛過濾面積）被降低了一個室的濾布面積，總過濾面積的減少也導致有效過濾面積（或稱凈過濾面積）的降低。但是，從主氣流中隔離開對濾袋實施清灰，從技術上說又有許多優點：
1、穿越濾袋的高壓脈沖空氣量不必很大即可有效清灰，且所需壓力較低。
2、從濾袋表面被清除下來的成片粉塵有足夠的時間降落入灰斗，再次飛揚的幾率很小。
3、清灰頻率下降，濾袋壽命得以延長。
4、配置脈沖電磁閥數量較少，可減少一次投資和維護工作量。
5、清灰所需壓縮空氣量較少，節省電能。
6、清灰效率高，除塵器能保持較低的壓力降，其結果是使除塵系統的運行費用下降。